Dalla Soprintendenza speciale per il Patrimonio Storico, Artistico ed Etnoantropologico e per il Polo museale della città di Venezia e dei comuni della Gronda lagunare dipendono direttamente i Musei statali di Venezia che si sono formati in tempi relativamente recenti (XVIII - XX secolo) per tesaurizzare i capolavori sottratti alla dispersione dopo le soppressioni ottocentesche degli enti religiosi, incrementati da acquisti e doni da privati (le Gallerie dell'Accademia ), o grazie ad importanti donazioni (Galleria Giorgio Franchetti alla Ca' d'Oro ) e acquisti di raccolte private (Museo d'Arte Orientale ) o di palazzi storici (museo di Palazzo Grimani ).
La Soprintendenza, in quanto Istituzione periferica afferente al Ministero per i Beni e le Attività culturali, esercita inoltre la propria attività di tutela e valorizzazione sul patrimonio storico-artistico mobile appartenente ad Enti pubblici (statali o locali), Enti ecclesiatici, Enti morali, Associazioni, Fondazioni, ecc.. presenti nel territorio della città di Venezia e dei comuni della Gronda lagunare ed ha competenza tecnico-scientifica anche sul patrimonio storico-artistico di proprietà privata, se dichiarato di 'notevole interesse storico-artistico' e notificato al proprietario ai sensi del Codice dei beni culturali e del paesaggio, D.Lgs. n. 42 del 22 gennaio 2004, cap.I, artt. 13-16.
La Soprintendenza è organizzata in uffici ai quali sono affidati compiti quali la catalogazione delle opere d'arte (Ufficio Catalogo ), il controllo sulla circolazione dei beni (Ufficio Esportazione ), la promozione di esposizioni temporanee (Ufficio Mostre ), la programmazione e la realizzazione di attività didattiche (Servizi Educativi ), la documentazione inerente le opere e i restauri (Archivio Fotografico ) e tutte le altre attività correlate alla gestione dei musei (Ufficio tecnico, Servizi aggiuntivi ) e alla tutela e alla valorizzazione del patrimonio storico artistico di competenza. Afferiscono alla Soprintendenza anche i Laboratori Scientifici della Misericordia .