La Fondazione Prada vede i suoi inizi per volere di Miuccia Prada e Patrizio Bertelli nel 1993, che aprono, in un vecchio edificio industriale di Milano, uno spazio espositivo dove presentare opere di artisti internazionali. Inizialmente l’attività prende il nome di Prada Milanoarte e l’inaugurazione avviene con una mostra personale ad Eliseo Mattiacci, a cui seguono una dedicata al lavoro di Nino Franchina, ed una seconda con opere dello scultore dell’Indiana David Smith. Ad ogni esposizione realizzata nello spazio milanese, ne corrisponde una pubblicazione cartacea e alla cui realizzazione contribuiscono gli artisti stessi tramite fotografie, disegni o testi.
Dopo una prima fase di riorganizzazione, nel 1995 Prada Milanoarte cambia nome e si trasforma in Fondazione Prada. Concepita per offrire ad un pubblico in continuo aumento e famelico di nuovi stimoli culturali un livello qualitativo eguale ad una vera e propria struttura museale, la nuova fondazione diventa una realtà incredibilmente importante nel panorama artistico contemporaneo su scala internazionale.
Inaugurata con un'esposizione dell’artista originario di Bombay, Anish Kapoor, nel 1996 ospita i lavori dell’americano Michael Heizer.
Dal 1997 la Fondazione Prada focalizza l’attenzione su artisti contemporanei, spesso giovani, con progetti che coinvolgono il territorio e la cultura della città.